次氯酸鈉對人體的影響與液體濃度，液體量，以及作用時間成正比，也就是說濃度越高，液體量越大，作用時間越長對人體的毒副作用越大。
毒副作用分為確定性效應與隨機性效應，急性效應與慢性效應。
當次氯酸鈉濃度超過5%時，毒性隨著濃度的提高明顯增強，對于任何人這一條都是確定的，所以在有橡皮障的防護下，建議次氯酸鈉的濃度不要高于5.25%，不然對于醫生與患者都是很大的風險。
所謂隨機效應是指致敏反應與致癌性，致敏率并不隨著濃度的增加而提高，也就是很低的濃度也有可能引起嚴重的過敏反應，但濃度提高會加重過敏程度，同時，由于具有強氧化性，所以有時利用它的這個特性來漂白。而絕大部分研究認為強氧化性是致癌的一個因素。
次氯酸鈉的急性效應主要表現為肝腎等的損傷，以及氯中毒等現象，而次氯酸鈉受熱易發生氧化還原反應 3ClO－→ ClO3－ + 2Cl－ 氯氣具有很強的毒性，如果空氣中含有萬分之一的氯氣，就會嚴重影響人的健康。一般認為，空氣中游離氯氣的高含量也不得超過1毫克/立方米。每升大氣中含有2.5毫克的氯氣時，即可在幾分鐘內使人死亡。因為高濃度氯可引起迷走神經反射性心跳驟停或喉頭痙攣。但這個濃度一般正常時候我們難以遇到，所以急性效應比較少見。
慢性效應是指慢性長期低濃度接觸，對于我們牙醫來說這個需要注意防護了。長期低濃度接觸，可引起慢性支氣管炎、支氣管哮喘等呼吸系統疾病。蕩洗的時候好在一旁使用強吸，避免對醫護人員和患者造成損傷。另外橡皮障必不可少，并不是稀釋(愛口腔)到1%~2%就可以直接使用在患者口內，由于次氯酸鈉的刺激性，一定要禁止直接使用與患者口腔，容易造成粘膜水腫，甚至嗆咳至呼吸道引起窒息……文獻表明，濃度為千分之二的次氯酸鈉手部接觸時就需要橡膠手套防護，更別提比皮膚敏感得多的口腔黏膜了。
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