次氯酸鈉用于游泳池消毒主要是由于其強氧化性，從而殺死細菌。它的殺毒效果比以前用的液氯要好，安全性也要更高。但不適合泳池消毒的原因是：
首先，次氯酸鈉極不穩定，難以保存，它的有效氯會隨環境的變化而變少：如溫度、濕度、光線及存放時間等因素都能導致其有效氯逐漸下降，由于其衰減特別快，現場不能長期存放，并具有腐蝕性，所以儲存和操作很困難。其次，使用的時候對設備要求很高，設備很難維護，用后泳池pH會上升很多。
次氯酸鈉放出的游離氯可以引起中毒，它有化學致敏作用，可引起皮膚病。皮膚接觸后，局部出現紅腫、瘙癢等。 如果不小 心喝到次氯酸鈉溶液，會導致人體黏膜腐蝕，食管或氣管穿孔、喉部水腫，胃部表現為腹痛和嘔吐，可造成血壓下降。雖然泳池含量低，但是如果對其過敏的人還是會有很大的反應與不適。
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