次氯酸鈉消毒是污水處理廠的重要環節，目前出水的消毒方式主要有液氯、二氧化氯、紫外線、臭氧、次氯酸鈉等。次氯酸鈉投加系統由儲罐、計量泵投加系統和加注管路及附件組成。
次氯酸鈉經計量泵注入水中后會迅速水解并發生分解，其中的次氯酸根會與水中氫離子結合形成次氯酸，鈉離子與氫氧離子結合成為氫氧化鈉。
NaClO+H₂O=HClO+NaOH
其中次氯酸也會進一步分解，從而形成鹽酸和新鮮的氧原子。
HClO=HCl+[O]
次氯酸本身具有一定的殺菌功效，會吸附在細菌或病毒的表面，通過滲透細胞壁進入細胞內部，通過強烈的氧化作用改變細菌或病毒內部的蛋白質，從而起到殺菌和消毒作用。
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