次氯酸鈉為高效含氯消毒劑。含氯消毒劑的殺菌作用包括次氯酸的氧化作用、新生氧作用和氯化作用，而次氯酸的氧化作用是含氯消毒劑最主要的殺菌機制。含氯消毒劑在水中形成次氯酸，作用于菌體蛋白質，不僅可與細胞壁發生作用，且因分子小，不帶電荷，故侵入細胞內與蛋白質發生氧化作用或破壞其磷酸脫氫酶，使糖代謝失調而致細胞死亡。
次氯酸鈉消毒液臨床應用優點是殺菌譜廣、作用迅速及殺菌效果可靠，同時毒性低、使用方便且價格低廉。缺點是有腐蝕性、不穩定，有效氯易喪失；易受有機物、pH值等影響。
次氯酸鈉消毒劑可以殺滅常見的大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、白色念球菌、脊髓灰質炎病毒及芽孢等。但是，消毒液濃度水平必須達到200 mg/L(以有效氯含量計)，作用時間20 min。降低濃度或縮短作用時間的做法極易造成細菌滋生或交叉感染。
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