次氯酸鈉用于飲用水消毒的歷史幾乎和氯氣一樣久，尤其是1930s之后。次氯酸鈉是一種高效、廣譜、安全的強力滅菌、殺病毒藥劑。與水的親和性很好，能與水任意比互溶，操作安全，使用方便，易于儲存，可以在任意環境工作狀況下投加。大量的文獻認為次氯酸鈉的消毒機理同氯氣消毒一致，其原理主要是通過水解形成次氯酸。因此，次氯酸鈉的水解是整個過程的關鍵和控制步驟。影響水解的主要因素是pH值和溫度。一定程度上氯氣水解可以降低水溶液的pH值，而次氯酸鈉恰好相反。再加上為了維持溶液穩定，商業次氯酸鈉會含一定量的氫氧化鈉以提高pH值，因此使用次氯酸鈉消毒會消耗水中的氫離子，有可能會提高水體的pH值。氯氣和次氯酸鈉一樣，更有效的消毒成分是水解后生成的次氯酸。而次氯酸在較低的pH值時比例會更高，即消毒效果會更好。文獻表明，pH值從6升高到7，對Giardia達到相同滅活率時需要的接觸時間需要延長50%；而pH從升高到8和9時，相同滅活率時需要的接觸時間需要增加6倍。
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