次氯酸鈉與水反應生成次氯酸并能釋放新生態氧呈現鹵代和氧化作用。由因為氧酸分子小，不帶電荷，易進入細胞內與蛋白質發生氧化作用或破壞細菌的磷酸脫氫酶，引起糖代謝失調，同時氟本身亦能與蛋白結合，使其脫水變性，呈現對細菌、病毒、芽胞等強殺滅，并有止臭、漂白等作用;對肝炎病毒甚至HB抗原滅活更佳，濃溶液對有機物有腐蝕呈溶解狀態。
在臨床應用方面，次氯酸鈉的水溶液通常作為各種外用消毒劑，例如84消毒液、清洗消毒液等均由次氯酸鈉加不同類型表面活性劑、穩定劑所組成，約含有效氨量不低于5%，具有高效、快速、去污強等特點，因此被應用于各種場所、物品的消毒中，使用時需要按照所要求的比例進行稀釋消毒。
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