次氯酸鈉(NaCIO)是強堿弱酸鹽，次氯酸鈉的滅菌原理主要是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的極強氧化性使菌體和病毒的蛋白質變性，從而使病源微生物致死。其過程可用化學方程式簡單表示為：
NaClO+H20_HCIO+NaOHHC10一HC1+[O]
次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，可滲透入菌(病毒)體內與菌(病毒)體蛋白、核酸和酶等發生氧化反應，從而殺死病原微生物。氧化反應機理見以下示意化學方程：
R—NH—R+HC10R2NC1+H20
同時，氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓使其喪失活性而死亡。
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